As faringites bacterianas podem ocorrer após uma iflamação viral, em que os microorganismos presentes na flora saprófita da orofaringe se tornam patogénicos após uma alteração nesse meio ambiente. A flora saprófita presente na orofaringe inclui Strptococcus viridans, Pneumococcus, bactérias fusiformes, Neisseria, Staphylococcus e fungos. Este tipo de faringite pode ser especialmente grave se for causada pelo Streptococcus-beta-hemolitico do grupo A, pelo risco de complicações mais graves tais como febre reumática, glomerulonefrite ou endocardite.
