Os vírus são a causa mais comum de faringite aguda em crianças e adolescentes. Os vírus respiratórios (por exemplo, vírus influenza, vírus parainfluenza, rinovírus, coronavírus, adenovírus, e vírus sincicial respiratório), enterovirus (incluindo vírus coxsackie e echovirus), o vírus do herpes simplex (HSV) e vírus Epstein-Barr (EBV) são causas frequentes de faringite. Faringite por EBV, muitas vezes é acompanhada por outros achados clínicos de mononucleose infeciosa (por exemplo, linfadenopatia generalizada, esplenomegalia), e pode ser exsudativa e indistinguível de faringite GAS. Faringite por HSV muitas vezes está associada a estomatite nas crianças, e tende a afetar toda a mucosa oral incluindo a gengiva, mucosa bucal e língua. Faringite por enterovírus pode ser um achado isolado (herpangina), ou parte do espectro da doença mão-pé-e-boca, e tem uma aparência típica. Infeções sistêmicas com outros vírus (por exemplo, citomegalovírus, vírus da rubéola, e vírus do sarampo) também podem incluir faringite.
Estreptococo beta-hemolítico do grupo A é a causa mais comum de bactérias de faringite aguda, correspondendo a 15% a 30% dos casos em crianças. Outras bactérias causadores incluem grupos C e G β-hemolítico estreptococos (GCS, GGS). Arcanobacterium haemolyticum é uma causa rara em adolescentes e Neisseria gonorrhoeae pode causar faringite aguda em adolescentes sexualmente ativos. Outras bactérias tais como Francisella tularensis, Yersinia enterocolitica, e Corynebacterium diphteriae, bem como infeções mistas com bactérias anaeróbicas (por exemplo, angina de Vincent) são causas raras. Chlamydophila pneumoniae e Mycoplasma pneumoniae foram implicadas raramente, especialmente em adultos. Embora outras bactérias como a Staphylococcus aureus, Haemophilus influenzae e Streptococcus pneumoniae frequentemente sejam isoladas a partir de culturas de garganta de crianças e adolescentes com faringite aguda, o seu papel etiológico não está estabelecido. Fusobacterium necrophorum, o agente etiológico típico da síndrome de Lemierre, também pode causar faringite descomplicada.
Casos não infeciosos de faringite recorrente ou prolongada e dor de garganta incluem a febre periódica, adenite, faringite e síndrome de úlceras aftosas, refluxo gastroesofágico e/ou refluxo laringo-faríngeo, e rinite alérgica.
